تمارس الفصائل والجماعات المسلحة الإخوانية انتهاكات بحقّ معارضين سياسيين؛حيث تنتشر الفصائل والجماعات المسلحة التي تدار من قبل الجهاز الأمني للإخوان، الذي يقوم بتنفيذعمليات اغتيال وتصفية للمعارضين لمشروعهم أو القادة العسكريين الذين يعيقون برنامج إحكام السيطرة على المحافظة.


وتوسعت السجون السرية لاتتبع وزارة الداخليةفي محافظات تعز ومأرب وشبوة؛ إذ يتمّ الإشراف على تلك السجون من قبل عناصر أمنية في الجهازالسري للجماعةكما تعرّض معتقلون سابقون للتعذيب وسوء المعاملة في تلك السجون، الأمر الذي تسبّب في وفاة بعضهم،وفق تقارير حقوقية وإعلامية


‏وتحدثت تقارير إعلامية وحقوقية عن تعرض صحفيين وناشطين على مواقع التواصل الاجتماعي للخطف والإخفاء أو الملاحقات والقضايا الكيدية في مأرب نتيجة انتقادهم أداء المؤسسات الأمنية في المحافظة أو قيادات تابعة للاصلاح، أو الإشارة إلى قضايا فساد مالي وإداري وتغول سياسي.